Các tòa án dị giáo ở Bồ Đào Nha

Các toà án dị giáo được thành lập đầu tiên năm 1536 ở Tây Ban Nha và cũng giống như Tây Ban Nha, tòa án được đặt dưới sự kiểm soát của nhà vua. Tổng thẩm tra viên đầu tiên của Toà lạc giáo Bồ Đào Nha là Đức Hồng y Henry, người mà sau này trở thành vua sau cái chết của Sebastian I.

Một buổi hỏa thiêu của Pháp đình Tôn giáo Bồ Đào Nha ở trước Cung điện hoàng gia Ribeira, Lisbon, Bồ Đào Nha Con dấu của Tòa án lạc giáo ở Goa (Ấn Độ thuộc Bồ Đào Nha)

Các tòa án dị giáo đã được thiết lập tại Lisbon, Coimbra, Évora và đến cuối thời cai trị của ông là Goa. Các toà án này sẽ tác động đến mọi khía cạnh đời sống Bồ Đào Nha trong ít nhất là 277 năm nữa trước khi chấm dứt hoàn toàn vào năm 1812. Tòa án dị giáo của Goa sẽ tác động một bộ phận lớn dân Hồi giáo, Ấn giáo và các tôn giáo khác ở hải cảng quan trọng này. Cụ thể vào năm 1851, các ghi chép cho thấy có tới gần 2/3 số dân ở Goa theo Công giáo[2] và Công giáo là tôn giáo lớn chỉ sau đạo Hindu hiện nay tại Goa với cứ 4 người thì 1 người theo Công giáo[3],mặc dù các pháp đình và sự thống trị của Bồ Đào Nha đã lui vào quá khứ.

Tòa án dị giáo ở Goa đã khiến cho các hoạt động thương mại ở đây trở nên sầm uất hơn.Người Bồ Đào Nha không những khiến Goa phát triển cả về kinh tế, mà còn về cơ sở hạ tầng và các kiến trúc văn hóa khác cho thành phố, biến thành phố trở thành một "Lisbon xứ Viễn Đông".

Quản lý thuộc địa

Ở châu Phi

Ở châu Á

Khi John trị vì chính thức vào năm 1521, Bồ Đào Nha đã tiếp cận được với vương quốc Ayutthaya (1511), quần đảo Maluku (1512), vùng duyên hải Trung Quốc (1513), đảo Timor (1515) và Quảng Châu (1517). Dưới thời trị vì của nhà vua, Bồ Đào Nha đã tiến vào Nhật Bản (1543) và thiết lập thương cảng tại Nagasaki (khoảng 1550) sau khi đàm phán với Nhật Bản. Đến cuối thời cai trị của mình, ông mua được thêm Macao (khoảng từ 1557 đến 1564) như là một hài động trả ơn vì đã giúp chống lại các cuộc tấn công của cướp biển Oa khấu.

Lãnh thổ của Ceylon thuộc Bồ Đào Nha cho đến 1658

Ở Goa, mâu thuẫn ngày càng tăng của các lãnh chúa địa phương với Goa, những liên minh được thiết lập giữa các lãnh chúa Hồi giáo và Zamorin cất nhắc buộc người châu Âu phải thành lập một quốc gia có chủ quyền và thiết lập chức toàn quyền riêng với Goa. Hệ thống các feitorias được thiết lập trên các lãnh thổ chiếm được năm 1512 gồm Cochin, Cannanore, Coulão, Cranganore và Tanor- còn Goa thì trở thành trung tâm của cả khu vực Viễn Đông thuộc Bồ Đào Nha vào năm 1512.

Các thương nhân Bồ Đào Nha đã tiếp cận Nhật Bản vào năm 1543. Tuy vậy,việc Bồ Đào Nha thực sự là nước châu Âu đầu tiên tiếp cận với Nhật vẫn còn gây tranh cãi. Đến những năm 1550, các thương nhân Bồ Đào Nha đã thiết lập được thương cảng tại Nagasaki. Người Bồ Đào Nha thường buôn bán dưới sự độc quyền hóa của một captain-major (một chức thống đốc địa phương, kiêm chức chỉ huy lực lượng quân sự tại khu vực trước thời cộng hòa).

Năm 1511, sau các cuộc viễn chinh bất thành, Hồi quốc Malacca cuối cùng cũng bị Afonso de Abuquerque chinh phục vào tháng 8 sau một xâm lược ngắn. Malacca sẽ bị xâm lược sau này bởi người Hà Lan vào năm 1641.

Việc người Bồ Đào Nha thiết lập các điểm buôn bán khá xa xôi khiến cho các chuyến hải hành họ bị phụ thuộc vào gió vào các mùa trăng. Vào mùa hè hướng gió Tây Nam thịnh hành từ Iran bị ngược với chiều di chuyển của các tàu thuyền đến từ Bồ Đầo Nha khiến cho các chuyến hải hành của họ bị kéo dãn, gây ảnh hưởng đến khả năng duy trì thuộc địa tại Bồ Đào Nha. Đế quốc châu Âu bên bờ Tây Iberia đã nhận ra sự khó khăn này và quyết định đánh chiếm thêm Tích Lan qua một vài cuộc chiến với các vương quốc địa phương, qua đó thiết lập Ceylon thuộc Bồ Đào Nha. Tích Lan thuộc Bồ Đào Nha sẽ còn là thuộc địa của Bồ Đào Nha cho đến năm 1658, khi quyền kiểm soát chuyển vào tay Hà Lan.

Ở Nam Mỹ

Tomé de Sousa, toàn quyền đầu tiên của Brasil

Trong thời kỳ cai trị của mình, ông đã thiết lập nên 12 tỉnh thuộc địa của Brasil thuộc Bồ Đào Nha (từ năm 1534). Các tỉnh này cai trị khá độc lập về mặt chính trị với một chính trị gia đứng đầu ở mỗi vùng. Đến năm 1459, João III thiết lập nên chức toàn quyền Brasil trên cơ sỏ 12 thuộc địa này. Toàn quyền đầu tiên của vùng đất này là Tomé de Sousa, người đã tìm ra thành phố mà ngày nay là Salvador, Bahia cùng năm.

Thương mại với Bồ Đào Nha của Brasil khá phát triển, chủ yếu là gỗ Brasil, các nô lệ người Ấn, chim bản địa Nam Mỹ và sau này là mía đường. Các vùng trồng mía và khai thác gỗ ở Brasil được thiết lập hay được mở rộng (nếu đã thiết lập) để phục vụ nhu cầu của chính quốc, hầu hết là xung quanh khu cảng ở Recife cũng như Bahia.

Brasil thuộc Bồ Đào Nha phát triển nhanh chóng vào cuối thời gian trị vì của vị vua và sẽ còn tiếp tục phát triển như vậy dưới thời cai trị của con mình là Sebastian. Trước sự lớn mạnh về nhiều mặt của Brasil và việc người Ấn không giỏi làm việc trong các đồn điền, chính quyền Bồ Đào Nha cho phép đưa thêm nô lệ từ châu Phi sang để duy trì sự phát triển của thuộc địa. Các nô lệ châu Phi chủ yếu làm việc trong các đồn điền mía hay là đầy tớ giúp việc cho chủ nhà.